DÉPISTAGE - Grâce à des algorithmes d’apprentissage automatique, une équipe de l’Université de Genève a pour la première fois identifié toutes les bactéries présentes dans l’intestin humain. Un résultat qui permettra de faire aussi bien que la coloscopie, pour à terme détecter la présence du redoutable cancer colo-rectal.
Le cancer colorectal est souvent diagnostiqué à un stade avancé, quand il ne reste plus que peu d’options de traitement. Or, si le rôle du microbiote intestinal dans le développement du cancer colorectal est connu depuis longtemps, passer de la recherche fondamentale à la mise en pratique médicale reste complexe. En effet, différentes souches d’une même espèce bactérienne peuvent avoir des effets opposés, certaines favorisant la maladie et d’autres n’ayant aucun effet.
«Au lieu de nous baser sur l’analyse des différentes espèces composant le microbiote, qui n’est pas assez détaillée pour saisir toutes les différences, ou sur celle des souches bactériennes, qui varient beaucoup d’un individu à l’autre, nous avons concentré notre recherche sur un échelon intermédiaire du microbiote, les sous- espèces», explique Mirko Trajkovski, professeur ordinaire au Département de physiologie cellulaire et métabolisme et au Centre du diabète de la Faculté de médecine de l’UNIGE, qui a dirigé cette recherche.
Catalogue complet
«Nous avons ensuite réussi à développer le premier catalogue complet des sous-espèces du microbiote intestinal humain, ainsi qu’une méthode précise et efficace pour exploiter cette mine d’informations pour la recherche et dans le cadre clinique» ajoute le doctorant Matija Trickovic, doctorant.
En combinant ce catalogue avec des données cliniques existantes, les scientifiques ont développé un modèle capable de prédire la présence d’un cancer colorectal uniquement à partir des bactéries présentes dans des échantillons de selles. «Même si nous avions confiance en notre stratégie, les résultats étaient étonnants», s’enthousiasme Matija Trickovic. «Notre méthode a détecté 90% des cancers, un résultat très proche du taux de détection de 94% obtenu par coloscopie, et supérieur à toutes les méthodes de détection non invasives actuelles.»
En intégrant davantage de données cliniques, ce modèle pourra encore gagner en précision et égaler la coloscopie. Il pourrait devenir un outil de dépistage de routine et faciliter la détection précoce du cancer colorectal, qui serait ensuite confirmé par coloscopie, mais uniquement chez un nombre restreint de patients.
